工伤认定申请超过一年时效仍可主张合法权益，根据《民法典》规定，人身损害的诉讼时效是自知道或应当知道权利受到侵害之日起算一年，劳动者可通过劳动仲裁部门和获得工伤赔偿。
法律分析
《工伤保险条例》、《工伤认定办法》等法规规定：用人单位未提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。法律赋予劳动者申请工伤认定的权利，是对劳动者权益保护的需要，也是对用人单位履行申请工伤职责的督促。规定劳动者一年工伤认定申请期限，有利于促使劳动者积极地主张权利，也方便劳动行政部门调查事故情况。但是规定申请期限自事故发生起算，不利于劳动者维护权利。相比而言，《广东省部分审理劳动争议案件工作座谈会综述》中的解释更加科学合理。该文件对工伤时效有如下表述：“但工伤事故的时效不应从工伤事故发生之日起算，应从其治疗终结之日或伤残等级评定之日起算。”
超过工伤认定一年时效怎么处理
是否超过了一年的期限就不能认定工伤，不能主张合法权益了呢答案是否定的。工伤案件属于一种特殊的人身伤害案件。按照上位法优于下位法的原则，在上位法有不同规定时应当适用上位法。在《民法典》中规定，人身损害的诉讼时效是自知道或者应当知道权利受到侵害之日起算一年。如果用人单位一直在负责劳动者的治疗，劳动者知道权利被侵犯是在单位停止对劳动者的治疗时开始。因此，如果没有超过《民法典》规定的人身损害的诉讼时效，法律应当保护其合法的权益。劳动者可以要求劳动仲裁部门出具不予受理的决定书，然后向提起工伤赔偿诉讼，由作出工伤认定，判定劳动者获得应有的赔偿。
结语
根据《工伤保险条例》和《工伤认定办法》等法规规定，劳动者在工伤发生之日起一年内可以向劳动保障部门提出工伤认定申请。然而，如果超过了这一期限，劳动者仍然有权主张其合法权益。根据《民法典》的规定，人身损害的诉讼时效是自知道或应当知道权利受到侵害之日起算一年。如果用人单位一直在负责劳动者的治疗，劳动者知道权利被侵犯是在单位停止对劳动者的治疗时开始。因此，劳动者可以通过劳动仲裁部门和提起工伤赔偿诉讼，以获得应有的赔偿。
法律依据
工伤保险条例（2010修订）：第二章 工伤保险基金 第十条 用人单位应当按时缴纳工伤保险费。职工个人不缴纳工伤保险费。
用人单位缴纳工伤保险费的数额为本单位职工工资总额乘以单位缴费费率之积。
对难以按照工资总额缴纳工伤保险费的行业，其缴纳工伤保险费的具体方式，由社会保险行政部门规定。
中华人民共和国职业病防治法（2018修正）：第一章 总 则 第七条 用人单位必须依法参加工伤保险。
和县级以上地方劳动保障行政部门应当加强对工伤保险的监督管理，确保劳动者依法享受工伤保险待遇。
工伤保险条例（2010修订）：第一章 总 则 第四条 用人单位应当将参加工伤保险的有关情况在本单位内公示。
用人单位和职工应当遵守有关安全生产和职业病防治的法律法规，执行安全卫生规程和标准，预防工伤事故发生，避免和减少职业病危害。
职工发生工伤时，用人单位应当采取措施使工伤职工得到及时救治。