税务局执行金三系统以后，目前数据是比较健全的，所以只要查系统申报数据是可以比对出来营业额的，同时还有以下手段可以进行辅助。
1、使用，的使用量可以通过开票系统进行上报汇总来要跟。
2、由于有些业务必须是要求银行打款，所以银行流水也可以做辅助。
3、股东个人银行账号流水，由于一些股东用私人银行卡进行收.款，所以大额或是频繁的一些银行卡流水也可能认为是公司的销售收入。
4、公司规模、业务范围也是可以预判的。
5、往来单位往来的明细流水可以做追查。
税务局发现偷漏税的手段主要有三种
1.举报.比如消费者举报不开,还有离职的财务举报(很大比例)、竞争对手举报等等,这个大家都懂不需要多说,这个主要针对的是中小企业.
2.查上下游企业的时候连带查出问题的.比如查到虚开的企业,接受虚开的抵扣方就肯定有问题,无非是主观故意还是不知情的区别,不知情的要做进项转出,故意的可能要坐牢.还有就是查关联公司的时候,很可能整个集团存在筹划偷漏税的情况,那就一锅端.
3.目前税务局最常用的,系统比对.我们国税局有一个风险识别系统,会自动根据企业的各类报表(、所得税、会计报表等)的信息分析疑点.打个比方,如果一个工业企业常年水电耗费很高却始终保持亏损,就是一种反常现象(因为亏损工厂一般都要减产甚至停工),就会提醒我们税务局要去查一下.还有系统未来彻底完善后,每一张专用都要走系统,查起来就容易得多.
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》
第二十一条
税务机关是的主管机关，负责印制、领购、开具、取得、保管、缴销的管理和监督。
单位、个人在购销商品、提供或者接受经营服务以及从事其他经营活动中，应当按照规定开具、使用、取得。
的管理办法由规定。
第十九条
纳税人、扣缴义务人按照有关法律、行规和财政、税务主管部门的规定设置帐簿，根据合法、有效凭证记帐，进行核算。